自2002年X档案的六年后,前联邦探员丹娜·斯科莉(吉莲·安德森GillianAnderson饰)调任某教会医院担任医师,福克斯·穆德(大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰)则过着隐居的生活,继续着对超自然现象的关注。